a humán mikrobiom

Összefoglalva tehát elmondható, hogy a gazdaszervezet és a mikrobaközösség anyagcsere útvonalai sokkal szorosabban összekapcsolódnak, mint ahogy azt korábban feltételezték. Mi több, az emésztőrendszerben, és testünk felszínein uralkodó körülmények jelentős része az ott élő mikrobaközösségek jelenlétének következménye. A humán mikrobióta biokémiai és ökológiai hatásai révén a gazda immunrendszerrel szoros kapcsolatban áll, sőt, akár szerves részeként is értelmezhető.

A mikrobiom vizsgálatának módszerei
Az újgenerációs szekvenáló platformok elterjedésével lehetőség nyílt a mikrobiom, illetve a metagenom minőségi és mennyiségi vizsgálatára, és mindez elérhető áron végezhető nagyszámú alany bevonása mellett is. Alapvetően kétféle megközelítés terjedt el. Egyik esetben viszonylag kevés vizsgálati alanyt követnek egy hosszabb időtartamon keresztül, rendszeres mintavétel mellett, a lehető legtöbb lehetséges faktor változásának folyamatos monitorozásával kiegészítve. A másik esetben bizonyos előre meghatározott tényezők alapján csoportokat alakítanak ki az alanyokból, és a csoportok eredményeit összehasonlítva állapítják meg a kapcsolatot a kiválasztott faktor és a mikrobiomban bekövetkező változások között.

Az össz-mikrobiális DNS-ből kiinduló, teljes genom szekvenáláson alapuló technikák nagy hátránya, hogy a sok nagyon hasonló, és gyakran ismeretlen mikroba genom rekonstruálása nagyon nehézkes. Emiatt a célzott DNS-szekvenáló módszerek jóval elterjedtebbek. Ezekben valamilyen PCR-alapú, vagy hibridizációs dúsítási eljárással kiválasztják a 16S rRNS gént kódoló DNS-darabokat, majd megszekvenálják azokat. A nagyon hasonló szekvenciákat OTU-kba (operational taxonomic unit; szekvencia hasonlóság alapján kijelölt „taxon") rendezik, majd adatbázisokkal hasonlítják össze, illetve filogenetikai fákba rendezik őket.

A szekvenátorok rohamos kapacitásnövekedése révén a metatranszkriptom, azaz a mikrobióta össz-RNS-készlete is leolvasható, így a mikrobiom funkcionális vizsgálata is megvalósítható. A metagenom kódoló részének elemzése a korábbi, taxon alapú jellemzéshez képest jóval informatívabb lehet, hiszen a közös génkészlet és a könnyen végbemenő géntranszfer miatt úgy tűnik, az egyes mikrobaközösségek között tapasztalt taxonómiai különbségek nem jelzik egyértelműen a mikrobióta megváltozott funkcionalitását. Amióta Anton van Leeuwenhoek 1676-ban mikroszkópjával elsőként pillantott meg egy (emberrel együtt élő) baktériumsejtet, az emberiség általánosságban egyfajta idegenkedéssel tekint ezekre az életformákra, és változatos módszerekkel igyekszik megszabadulni tőlük, ahol csak lehet. Ezek az eljárások jellemzően nem tesznek különbséget "jó" és "rossz" mikrobák között, és csak a közelmúltban jelent meg az a szemlélet, miszerint a "jó" mikrobákat valamiképpen támogatni volna érdemes.

Ma már építőmérnökök, anyagmérnökök, épületgépészek és biológusok közös munkával olyan technológiákat fejlesztenek, amelyek az épített környezetben tartózkodó emberek mikrobiomjának igényeit is figyelembe veszik.

Forrás: TÁMOP-4.2.2.A-11/1/KONV-2012-0047